Finanční instituce přispívají do FPV na základě zákona o bankách, který od července 2010 zvýšil roční příspěvek o 60 procent. U banky tak činí 0,16 procenta z pojištěných vkladů, u stavebních spořitelen je 0,08 procenta. Banky navíc musí nově platit příspěvky čtvrtletně. Za čtvrté čtvrtletí loňského roku musí zaplatit do konce letošního ledna. Celkem od roku 1994 finanční instituce takto zaplatily přes 38 miliard korun. Pobočky zahraničních bank od vstupu Česka do Evropské unie nemusejí do fondu platit nic.

.

.
FPV by měl podle novely zákona disponovat rezervami ve výši 1,5 procenta všech pojištěných vkladů. Této výše by se podle dřívějších odhadů mělo dosáhnut zhruba do deseti let. Následně zákon počítá se snížením příspěvků na minimální úroveň. U fondu jsou pojištěny vklady za více než dva biliony korun.
Pojištěny jsou veškeré vklady fyzických a právnických osob vedené v pojištěných institucích v české nebo cizí měně, včetně úroků. Limit pro pojištění bankovních vkladů činí 100.000 eur (asi 2,5 milionu korun). Lhůty pro výplatu náhrad za pojištěné vklady činí 20 pracovních dnů.
Pojištění se ovšem nevztahuje například na vklady samotných bank, dalších finančních institucí, zdravotních pojišťoven a státních fondů. Pojištěnými institucemi jsou banky, družstevní záložny nebo stavební spořitelny.
Od svého vzniku vyplatil Fond pojištění vkladů náhrady za pojištěné vklady v hodnotě přesahující 25 miliard korun. Výplaty se týkaly zhruba 300.000 klientů dvanácti bank, které zkrachovaly mezi roky 1995 a 2003.
V loňském roce fond vyplatil většinu klientů Vojenské družstevní záložny, které odejmula licenci ČNB v prosinci 2010. Klienti si u záložny uložili přes 69 milionů korun.